Na szczególną uwagę w Bazylice Mniejszej zasługuje prezbiterium (szerokość 10,47 m i długość 8,73 m). Na wprost znajduje się ołtarz główny sięgający po samo sklepienie i doskonale wpisujący się w przestrzeń. Dzięki uskokowemu ustawieniu trzech par kolumn powstaje prawdziwie scenograficzny efekt, polegający na perspektywicznym skrócie współgrającym z przestrzenią zbiegającą się w głębi absydy.

Został konsekrowany z kościołem 30 maja 1688 r. W całości jednak wykonany był później, o czym świadczy napis na tablicy trzymanej przez Mojżesza „Aedivicato 1701”. Prawdziwą chlubą Brzozowskiej Kolegiaty jest posiadanie w relikwiarzach w ołtarzu głównym 107 relikwii świętych.

W polu retabulum umieszczony jest obraz przedstawiający scenę Ukrzyżowania, będący odwzorowaniem dzieła Gwidona Reniego z 1616 r. Wizerunek brzozowski (namalowany na płótnie techniką olejną przez nieznanego artystę) powstał prawdopodobnie na początku drugiej połowy XVII wieku. Przedstawia Chrystusa rozpiętego na Krzyżu oraz stojącą Matkę Bożą i św. Jana Ewangelistę, a także klęczącą sw. Marię Magdalenę. Nad obrazem dwa anioły podtrzymują chustę św. Weroniki.

W prezbiterium zwraca uwagę tron biskupi. Zasiadali w nim włodarze diecezji, gdy uczestniczyli uroczystych celebrach i nabożeństwach. Na jego baldachimie, który jest zwieńczony wazonem z kwiatami, umieszczony jest herb Jastrzębiec.