W południowej kaplicy transeptowej umieszczony jest ołtarz Matki Bożej Różańcowej fundacji Wojciech Chmielewskiego i Macieja Bielawskiego. W jego polu głównym znajduje się XVII-wieczny obraz Matki Bożej Różańcowej, który przez długie lata słynął łaskami, o czym świadczyły liczne wota wiszące na ścianach. W 1736 roku postacie Madonny i Dzieciątka zostały prawie całkowicie pokryte srebrnymi sukienkami otrzymały pozłacane korony wykonane ze srebra, które stanowiły dar parafian. Obraz jest obramiony płaskorzeźbami przedstawiającymi rodowód Chrystusa (Drzewo Jessego) z rzeźbami św. Dominika i św. Katarzyny Sieneńskiej u dołu. Z leżącej postaci Jessego wyrasta winna latorośl, w gałęziach której umieszczonych jest dwanaście postaci starotestamentowych królów żydowskich, potomków patriarchów.

Ołtarz ma na zasuwie XVII-wieczny obraz św. Dominika przy Matce Bożej z Dzieciątkiem.
Dzieciątkiem miejscowym kulcie obrazu Matki Bożej Różańcowej świadczyło specjalne zarządzenie bpa W. H. Sierakowskiego. Nakazał on kapelanowi Bractwa Różańcowego założenie specjalnej księgi, zapisywanie w niej wszelkich łask doświadczonych przez wiernych przy tym ołtarzu, a także dawnych łask na podstawie zeznań wiernych i świadków oraz spisanie ich ze srebrnych tablic wiszących przy ołtarzu.

Przechodząc dalej południową nawa boczna, wchodzimy na lewo do kaplicy św. Wincentego a Paulo, nazywanej od połowy XIX wieku kaplica Najświętszego Serca Jezusowego. W środkowej części ołtarza, w bogato profilowanej ramie, ozdobionej ornamentami rokokowymi, umieszczono XVIII-wieczny obraz św. Wincentego a Paulo pędzla Szymona Czechowicza. Przedstawia on francuskiego duszpasterza ubogich ubranego w komżę, trzymającego stułę i wygłaszającego kazanie. W zwieńczeniu umieszczony jest niewielki obraz przedstawiający scenę nawrócenia św. Pawła.

Zapewne w związku z rozwojem kultu Najświętszego Serca Jezusowego (druga połowa XIX w.) proboszcz brzozowski ks. Antoni Załuski w 1880 r. zlecił Pawłowi Bogdańskiemu namalowanie obrazu Serca Jezusowego. Wizerunek przedstawia postać Chrystusa z odsłoniętym gorejącym sercem.

W zakończeniu południowej nawy bocznej usytuowany jest ołtarz Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny – trójosiowy, flankowany za pomocą dwóch par kolumn korynckich, podpierających belkowanie z fryzem i gzymsem w formie tympanonu. Kolumny są złocone w całości a pomiędzy nimi znajdują się dwie bogate rokokowe ramy. Przedstawiona na obrazie scena Zwiastowania jest ukazana tradycyjnie. Obraz miał w XVIII wieku srebrne sukienki.

W zwieńczeniu ołtarza , na wysokich impostach ustawione są figury św. Pawła (trzymającego miecz i księgę), św. Wawrzyńca Męczennika (z rusztem i palmą) oraz św. Jana Chrzciciela (z krzyżem). Na zasuwie znajduje się barokowy obraz adoracji Matki Bożej przez św. Antoniego Padewskiego Padewskiego początku XIX wieku, wzorowany na obrazie Karola Marattiego z kościoła na Kwirynale.

Po prawej stronie wejścia głównego bp W. H. Sierakowski umieścił marmurowe epitafium poświęcone pamięci ks. Bartłomieja Misiałowicza w uznaniu niezwykłych zasług tego kapłana, budowniczego brzozowskiego kościoła. Pod tablicą, w mosiężnej szkatule za szybką znajdują się zmumifikowane ręce (do łokci), znalezione w tym stanie podczas remontu przeprowadzonego w połowie XVIII wieku. Nad tablicą wisi portret ks. B. Misiałowicza, a po przeciwnej stronie, na filarze jeszcze jedno epitafium poświęcone temu wybitnemu duszpasterzowi, malowane olejno na płótnie, w złoconych ramach, fundowane przez wykonawców testamentu pod koniec XVII wieku.

Obok wejścia na chór, na północnej ścianie nawy bocznej znajduje się ołtarz św. Józefa z Dzieciątkiem. Antepedium w formie malowidła na płótnie w ramie złoconej przedstawia trzy kartusze świętych z symbolami polach. Umieszczone w ołtarzu na gzymsie, na wysokich impostach w zwieńczeniu rzeźby przedstawiają postacie św. Piotra (z księgą i kluczami), św. Bartłomieja (trzymającego zdartą skórę, zakrzywiony nóż i głowę) oraz św. Łukasza Ewangelistę. W ramie wewnętrznej barokowy obraz przedstawia św. Józefa trzymającego w prawej ręce lilię i prowadzącego za rękę małego Jezusa. Na zasłonie umieszczony jest XIX wieczny obraz wyobrażający św. Walentego.

Podążając dalej północną nawą znajdujemy wejście do Kaplicy Matki Bożej Ognistej, którą odbudował bp W. H. Sierakowski. Znajdujący się tam ołtarz jest identyczny w swojej architekturze ołtarzem w kaplicy św. Wincentego. Rózni się jesynie kolorem (pomalowany jest w kolorze czerwono-brązowym) i ma dodane, rozmieszczone po bokach nastawy, rzeźby św. Rafała (w stroju pielgrzymim, z kijem i rybą) oraz św. Gabriela (trzymającego berło). W zwieńczeniu widnieje niewielki obraz Ofiarowania w świątyni, w profilowanej i złoconej ramie. Wewnątrz ramy głównej ołtarza umieszczony jest obraz Matki Bożej Pocieszenia zwanej Ognistą na pamiątkę cudownego uratowania go z pożaru drewnianego kościoła w 1657 roku. Obraz został uroczyście przeniesiony na obecne miejsce 12 sierpni 1758 roku. Umieszczony jest pod nim napis po łacinie głoszący historię znalezienia wizerunku w zgliszczach spalonego kościoła.

Brzozowski obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem i św. Janem Chrzcicielem malowany jest na płótnie i pokryty srebrnymi sukienkami. Treścią przedstawienia jest Matka Boża adorująca śpiące Dzieciątko z pochyloną głową wpatrzona czule w śpiącego Syna. Powyżej jest wkomponowana postać św. Jana Chrzciciela, przedstawionego równiaż jako dziecko, zwrócone w stronę Maryi. W lewej ręce trzyma gałązkę z kwiatem róży, natomiast palec wskazujący prawej ręki trzyma przy ustach gestem nakazującym milczenie. Obraz jest pełen godności i spokoju. Dzieło nieznanego autora formalnie i ideowo zdradza wpływ malarstwa niderlandzkiego. Na zasuwie umieszczony jest obraz Matki Bożej Niepokalanie Poczętej, wykonany przed 1757 rokiem.
Nad wejściem do kaplicy znajduje się fresk z 1905 roku przedstawiający scenę znalezienia obrazu Matki Bożej w zgliszczach spalonej drewnianej świątyni.

Po wyjściu z kaplicy kierujemy się w stronę ołtarza św. Anny, który mieści się w północnej kaplicy transeptowej. Jest on konstrukcją jednokondygnacyjną ze zwieńczeniem, ujętą kolumnami z dekoracją snycerską o ornamentach chrząstkowo-małżowinowych i pękach owoców. Na konsolach umieszczone są rzeźby św. Jana Chrzciciela i proroka Zachariasza z księgą.
Duży obraz św. Anny datowany jest na okres przed 1668 r. i przypisywany Franciszkowi Lekszyckiemu, malarzowi bernardyńskiemu bernardyńskiemu Krakowa.

W kaplicy św. Anny umieszczona jest chrzcielnica (pokrywa wymieniona jest w inwentarzu z 1699 r., a podstawa z czarnego marmuru w 1745r.). Trzon chrzcielnicy jest tralkowy z czaszą kandelowaną i cynowym zbiornikiem na wodę wewnątrz. Pokrywa ażurowa, drewniana, silnie wysklepiona na kształt kopuły. Zwieńczona jest rzeźbą figuralną z wyobrażeniem Chrztu Chrystusa.